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一般来说，营养治疗遵循必要的程序：首先需要筛查罹患不同疾病的病人的营养风险，再进行全面的营养状况评估，同时评估病人的精神心理状况，制定营养方案。营养治疗在实施过程中应该遵循“四优先原则”及“五阶梯疗法”。

日常饮食是人类营养的最佳来源，但是，在疾病条件下，由于疾病本身、治疗干扰等多种原因，日常饮食常常难以满足生理及疾病康复的营养需求。此时，特医食品或肠内营养剂就自然而然成为日常饮食的补充或替代。

与日常饮食相比，特医食品能量密度更高，营养配比更加合理，营养素更加均衡全面。以特医食品口服补充日常饮食的不足，在医学上称为口服营养补充。大量研究证明，口服营养补充是最便捷、最便宜的营养治疗方法，具有促进疾病康复、缩短住院时间、节约医疗费用的显著作用。

国内外临床营养指南一致推荐：慢性消耗性疾病患者、高龄老年人、肿瘤患者口服营养素补充剂（oral nutritional supplements，ONS）。口服营养补充按照“3+3”模式实施，即在三顿正餐后食用特医食品（见上图）。

2016年，有人总结全球营养不良的3736名住院病人经营养治疗后，能量及蛋白质摄入及体重增加，改善患者的营养状况，有利于药物及手术治疗。但营养治疗前的营养评估非常重要，是做出正确营养诊断的基础，而错误的评估可能对疾病发展产生负面影响。

一般认为临床医生、注册营养师均必须参与营养评估，根据病情需要，护士、心理医生、物理治疗师也需适当参与，需要专业人士对病人的病史、身高体重、生理生化指标、症状、心理、饮食情况及营养素的需要及消耗进行专业评估，因而特殊医学用途食品必须在医生及注册营养师的指导下使用。