毛霉的种类主要有雅致放射毛霉、五通桥毛霉、总状毛霉、高大毛霉和腐乳毛霉等，常用于腐乳的发酵。毛霉能产生蛋白酶和脂肪酶，其中蛋白酶产量较大，使腐乳具有鲜味的蛋白质分解物。毛霉菌丝发达，有利于发酵，能保证腐乳口感细腻有质地，使腐乳坯变得柔嫩，营养成分易于消化吸收。但毛霉的生长温度一般在 15 ～ 25 ℃，不利于夏季生产发酵。

根霉的种类主要有因米根霉、华根霉、无根霉等，因其与毛霉亲缘性较高，也常用于腐乳的发酵。根霉较毛霉更耐高温，生长温度域更宽，不受季节限制。根霉分泌的淀粉酶活性很强，可糖化淀粉生产酒精。除此之外，在后期发酵中，还可利用根霉的糖化淀粉作用产生的少量乙醇、乳酸等，丰富腐乳的风味。而且根霉还可分泌脂肪酶等其他酶系，分解产生更多的营养物质。

细菌在腐乳的发酵过程中发挥的作用与毛霉根霉相似，但发酵周期较长。日常生产中，常用的腐乳发酵菌种主要有微球菌和枯草芽孢杆菌。